放射線の影響により病気（がんなど）になる確率が上がることから、被爆者健康診断事業が行われています。一般検査のほか、がん検査（胃がん、肺がん、乳がん、子宮がん、大腸がん、多発性骨髄腫の６種類）が充実しています。
被爆者が病気になって保険診療を受けた場合、病気の種類にかかわらず、指定医療機関での受診であれば医療費の自己負担はなく、国が負担します。
介護保険の医療系の介護サービスを受けた場合も、自己負担はありません。
指定医療機関以外での受診の場合は、領収書等の書類を添えて請求することで償還払いされます。
健康保険、介護保険の自己負担分を国が負担する制度ですので、保険財政の負担の軽減にはなりません。
すなわち、保険料を納めている国民は、被爆者の医療費分も納めていることになります。
被爆者の有病率が一般の有病率よりも高い場合は、被爆者割合が多い自治体の保険財政を圧迫することとなり問題ですが、実際は大きな相異はないようです。
被爆者の健康状態が比較的良好であることの一因として、健康管理が充実しているからではないかとも言われています。
被爆者の病気が、原子爆弾の放射能に起因すると厚生労働大臣が認定した場合、保険分についても全額国が負担します。
認定を受けるには、認定申請書、医師の意見書、健康診断書などを添えて厚生労働大臣に申請します。
この認定を受けることは、医療特別手当や特別手当の支給を受けるための要件となりますが、原子爆弾の放射能に起因しないと審査会に判断された場合には却下されています。